La Facultad de Ciencias Agropecuarias fue creada mediante el Acuerdo 014 de 2008, mediante tres facultades: Administración de Empresas Agropecuarias, Medicina Veterinaria y Zootecnia. Se denominaron programas y, junto con los programas posgraduales, se integraron en una sólida y gran Facultad de Ciencias Agropecuarias, que inició el primer ciclo en el 2009.

La Facultad ofrece programas de pregrado y de posgrado; asegura la formación integral de los estudiantes, adelanta la investigación, la transferencia, promueve la proyección y responsabilidad social, y procura los servicios académico-administrativos de soporte para su funcionamiento. En mayo de 2010 se incluyó el programa de Ingeniería Agronómica, en Yopal, en el Centro de Investigación y Capacitación Matadepantano. Actualmente, la Facultad cuenta con cuatro programas de pregrado, un doctorado, tres maestrías y cuatro especializaciones.